Die ebenfalls von einem durch die Bürgerinitiative beauftragten Gutachter für den Bereich Ornithologie festgestellten Projektsmängel, insbesonders die völlig unzulängliche Erhebung bzw. Kartierung von geschützten Vogelarten wurden von der Amtssachverständigen ohne weitere substantielle Erhebungen als „für die Bewilligung nicht relevant” abgetan.
Die vorliegenden Untersuchungen der Büros BIOME, Dr. Andreas Traxler sind unzureichend und fachlich nicht fundiert (zB Mängel bei Eulenarten, Waldschnepfe etc.)
Die Wirksamkeit der Ausgleichsmaßnahmen wurde einfach angenommen und im Vorhinein nicht kritisch geprüft – Maßnahmen wirken in Wäldern erst langfristig (nach vielen Jahren bzw. nach Jahrzehnten); kurz- und mittelfristig ist zu befürchten, dass es keine messbaren positiven Effekte gibt.
Der unbekannte Einfluss auf das (Klein-)Klima des Waldes (insbesondere durch Dauer-Rodungsflächen, breitere Wege) wurde nicht in Betracht gezogen – ebenso langfristige Effekte der Waldfragmentierung (zB inkl. möglicher Einschleppung und Ausbreitung von Neophyten in das Waldgebiet), dauerhafte Störungen durch den Betrieb.
Kumulationswirkungen wurden sehr oberflächlich abgetan, obwohl viele Vogelarten großräumig agieren und sicherlich ein Populationszusammenhang mit dem Waldgebiet des Windparks Grafenschlag gegeben ist. Das Waldgebiet steht auch im räumlichen Konnex zum Natura 2000-Gebiet Waldviertel.
Selten vorkommende und gemäß Anhang II der FFH-Richtlinie geschützte Arten bei den Fledermäusen werden zwar bestätigt, jedoch zielen die Schlussfolgerungen und Interpretationen immer auf die Genehmigungsfähigkeit der Projekte ab. Die von den Bürgerinitiativen eingebrachten Bedenken (Fachstellungnahmen Dr. Sachslehner) im Bereich der Vogelkunde wurden von der Amtssachverständigen nicht ausreichend gewürdigt. Vielmehr stützt sich die Amstsachverständige auf Aussagen und Stellungnahmen des Projektanten.
Im Sommer 2020 führen Ornithologen weitere Erhebungen durch. Dabei wird eine erfolgreiche Brut des Schwarzstorchs in der Nähe des Projektgebiets nachgewiesen. Die Forschungsgesellschaft Wilhelminenberg (NGO) fordert in der Folge eine neue Raumnutzungsuntersuchung, die sich mindestens über eine gesamte Brutsaison erstreckt.